Ступени карьеры Хантингтона включали многочисленные посты в университетах, исследовательских организациях и правительственных структурах. Был президентом Американской ассоциации политических наук. В последние годы жизни работал директором Института стратегических исследований Джона Олина при Гарвардском университете и председателем Гарвардской академии международных и региональных исследований. Автор многочисленных научных работ в области политики, международных отношений, теории демократии и социальных отношений. Его перу принадлежат шесть книг, среди которых наибольшую известность получила опубликованная в 1996 году концептуальная работа «Столкновение цивилизаций и преобразование мирового порядка» (The Clash of Civilizations and Remaking of the World Order), описывающая динамику современных международных отношений сквозь призму цивилизационных процессов и связанных с ними конфликтов. Эта книга стала продолжением и развитием идей автора на соотношение сил современном мире, которые впервые были описаны им в представленной ниже статье «Столкновение цивилизаций?» (The Clash of Civilizations?), опубликованной в 1993 году в журнале Foreign Affairs. Сэмюэль Хантингтон рассматривает цивилизацию как наивысшее культурное образование, объединяющее людей и обеспечивающее им определенную степень культурной самобытности. В этом смысле цивилизация определяется как общими объективными элементами, такими, как язык, история, религия, обычаи, общественные институты, так и субъективной самоидентификацией людей. Цивилизационная идентичность, по мнению автора, будет играть все более важную роль в будущем, и в дальнейшем мир будет формироваться в значительной степени под влиянием взаимодействия нескольких главных цивилизаций и одновременно углубления различий между ними. Наиболее значительные по своим последствиям конфликты будущего произойдут на своего рода культурных границах, разделяющих эти цивилизации.