Высшим органом ЕврАзЭС является Межгосударственный совет. В его состав входят главы государств и главы правительств Договаривающихся Сторон. Межгоссовет рассматривает принципиальные вопросы Сообщества, связанные с общими интересами государств-участников, определяет стратегию, направления и перспективы развития интеграции и принимает решения, направленные на реализацию целей и задач ЕврАзЭС. Межгосударственный совет дает поручения Интеграционному комитету, обращается с запросами и рекомендациями к Межпарламентской ассамблее, с запросами к Суду Сообщества. Своими решениями Межгоссовет может учреждать вспомогательные органы Сообщества