Метафилософия науки по отношению к философии науки играет роль, аналогичную той, какую философия науки играет по отношению к науке. В ней реализуется способность философии науки к саморефлексии, актуализируются вопросы о философской значимости процессов, имеющих место в «trading zone» (в смысле П. Галисона), где вырабатываются способы обмена идеями между учеными, специалистами-науковедами и философами. Взаимодействие философии и метафилософии науки осуществляется в ходе конкуренции между различными философскими интерпретациями науковедческих исследований этих «обменных» процессов. Сами эти исследования, в частности, институциональные, методологические, исторические и культурологические, получая философскую интерпретацию, становятся источниками метафилософских идей. Метафорически можно сказать, что метафилософия является самосознанием философии науки.