Спор вокруг «письма академиков» вызвал широкий отклик в прессе. Однако число комментариев самих журналистов оказалось не так велико. Представители СМИ предпочитали цитировать участников спора. Хотя были и исключения.

Почти сразу авторов письма поддержала группа правозащитников, распространившая в прессе уже свое собственное обращение. Под ним стоят подписи Льва Пономарева, Сергея Ковалева, Виктора Шендеровича и других известных общественных деятелей. Есть в их числе и Юрий Рыжов, опять же академик РАН. «Превращение одной из конфессий в эквивалент государственной идеологии, пусть и в замаскированном виде, это — прямой путь к уничтожению демократии и распаду страны», — считают правозащитники.
Московское бюро по правам человека было не столь категорично. Указав на то, что в России действительно есть опасность «клерикализации» и покритиковав Церковь, авторы его официального заявления не обошли вниманием и самих академиков-подписантов. Они напомнили, что вера и наука вещи вполне совместимые, а среди выдающихся ученых были верующие.
Высказалась в прессе и известная феминистка Мария Арбатова, заявившая, что на фоне дискуссии вокруг ОПК «именно РПЦ мешает введению предмета «половое просвещение» в школе», в то время как «препятствия к развитию контрацептивной культуры являются чистым вредительством».
В приложении к «Независимой газете» «НГ-Религия» вышла статья доктора физико-математических наук Сергея Капицы, который заметил, что ставит науку выше религии, ибо наука — «следующая ступень на пути познания мира». Критикуя Церковь за вмешательство в научные дела, он, тем не менее, отмечает, что у нее имеется колоссальный опыт решения морально-этических проблем, от которого «нельзя отмахиваться», поскольку наука их решать не способна.
Интернет-портал «Грани.Ру» устами Максима Борисова также выразил сомнение в адекватности поставленных Церковью задач, отметив, что Православие ни в каком ОПК не нуждается. «Если школьная наука действительно может склонять детей к атеизму, то дело религии не стоит ни гроша… Так ли уж полезно будет для самого Православия снабжать школьные курсы насильственными «комментариями», разъясняющими, как это нужно воспринимать с точки зрения религии?». Кроме того, Максим Борисов подверг критике «церковных чиновников». По его мнению, «на их пути всегда встречаются «неудобные» люди, говорящие то, что думают, а не то, чего от них ожидают, и не для личной выгоды, а сообразуясь лишь со своими убеждениями».
Другое интернет-издание «Газета.Ру» отозвалось статьей «Экономика клерикальной истерии», автор которой Сергей Черняховский, пользуясь случаем, отмечает: Церковь и «православная общественность» спекулируют на том, «что люди, не желая обижать реально верующих, молча проходят мимо их нарастающей экспансии в обществе».
Неожиданно в «Ежедневном журнале» (ej.ru) по поводу «письма десяти» выступила Юлия Латынина, известный журналист, чьей специализацией всегда были экономика и политика, но не религиозная сфера. По ее мнению, Церковь, занимается не тем делом: лучше бы обороняла гражданское общество и давала нравственную оценку смерти Анны Политковской и делу «Юкоса». «Когда милиция в городе Благовещенске в течение нескольких дней избивает несколько сот горожан — это способствует укреплению нравственных ценностей или нет? Если вы посмотрите на великих проповедников, примером своим увлекавших народ, то вы заметите, что эти люди были, что называется, с активной гражданской позицией», — считает журналистка.
Постоянный автор газеты «Московские новости» Василина Орлова, в свою очередь, обращает внимание читателей на то, что инициативы с введением ОПК идут «снизу», из народа, и пока «наверху» продолжаются споры, в школах активно действуют всевозможные секты. Но в то же время и в Церкви есть свои проблемы, главная из которых — отсутствие должного числа грамотных, активных энтузиастов. «„Свет Христов“… затемнен самыми дикими суевериями, да и много ли молодых священников, выпускников столичных семинарий, испытывают желание ехать в какую-то глухомань, чтобы вдали от священноначалия и перспектив «повышения по службе» нести свое служение? Где же все выпускники воскресных школ, активные православные?»
Одним из первых ответ академикам дал главный редактор «Фомы» Владимир Легойда, чью статью с призывом к совместной дискуссии опубликовал ресурс «Интерфакс-Религия».
«Православная Церковь сегодня по праву является одним из наиболее уважаемых и полезных социальных институтов современного российского общества. Кстати, с точки зрения самой Церкви, это, конечно, далеко не самая важная ее характеристика. Но люди неверующие, конечно же, прежде всего должны оценивать именно социальную пользу. А она совершенно бесспорна: Церковь помогает многодетным и неимущим, идет в больницы и хосписы, тюрьмы и детские дома. По логике протестующих против активности Церкви, следующим шагом должно быть изгнание из больниц сестер милосердия и из тюрем — священников, пекущихся о душах заключенных. Согласитесь, очень странным в такой ситуации выглядит предупреждение о вреде, который Церковь якобы может нанести обществу».
Против борцов с «клерикализмом» выступил в «Известиях» Максим Соколов, заявивший, что атеисты «испытывают вполне религиозные чувства» в своем стремлении бороться с Церковью. Возражая тем, кто считает «клерикализацию» уже свершившимся делом, автор интересуется у читателей, требуют ли сегодня в госорганах справки о причастии и сгоняют ли людей на церковные службы при помощи силы. Страдания от «засилия церковников» не причиняет личного урона людям, замечает Максим Соколов, а значит борьба с этим «засилием» — плод гражданской, а не личной «скорби».
На страницах тех же «Известий» выступил епископ Саратовский и Вольский Лонгин. В свободной стране любой человек может выражать свое мнение, что и сделали академики своим письмом, считает владыка. Но в то же время называть «возрастающей клерикализацией» повышение общественной роли Церкви — неверно. По словам епископа Лонгина, «среди православных есть и ученые, и бизнесмены, есть и представители власти, и те, кого принято называть собирательным словом «народ». И чем больше людей будет воцерковляться, тем большим будет влияние Церкви в обществе. Потому что верующий человек не может разделить свою жизнь на «жизнь в Церкви» и «жизнь вне Церкви». Его профессиональная, общественная деятельность так или иначе обусловлена его убеждениями, его верой». Именно это, а не «клерикализацию» он назвал причиной усиления роли Православия в нашей жизни.
Глава Отдела внешних церковных связей митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл обозначил свою позицию на официальной пресс-конференции, содержание которой широко растиражировали СМИ.
«Клерикализация — это когда духовенство берет в свои руки светскую власть. Вот если бы митрополит был министром по делам науки, и уважаемые академики приходили бы к нему за инструкциями, вот это была бы клерикализация». Владыка также подчеркнул, что готов к диалогу с авторами письма, но хотел бы, чтобы она происходила несколько в ином ключе. «Я хотел бы поговорить с этими людьми по-человечески, в спокойной обстановке, а не в политизированном ключе, без какого-то ненужного пиара», — заметил он.
Генеральный директор и по совместительству научный редактор «Эксперта» Александр Привалов и вовсе считает, что это не Церковь, а академики вступили на чужое поле в разговоре про ОПК. «Не всё в жизни охватывается наукой… а школа — не вестибюль лаборатории, а ворота в жизнь. Монополия науки и её претензии на универсальность просто опасны: они смещают этнос и религию в область субъективного, лишая их тем самым силы создавать общину».
Историк и депутат Наталья Нарочницкая назвала письмо академиков попыткой установить «новый тоталитаризм». По ее словам, «академики навязывают нам в качестве общегосударственной сугубо атеистическую, вульгарно-либертанскую интерпретацию всех вещей».
Такого же мнения придерживается и группа политологов, опубликовавших на сайте Агентства Политических Новостей статью под заголовком «Сумма против академиков». Борис Межуев, Михаил Ремизов, Роман Карев и Станислав Белковский считают, что авторы «письма десяти» впервые со времен перестройки заявили претензии на установление в обществе какого-то единого (в данном случае научного) мировоззрения. При этом наука, по их мнению, «уже давно перестала служить источником формирования какого-либо мировоззрения».
Весьма категорично выступил против академиков Иван Демидов. На сайте «Русского Проекта» (rus-proekt.ru), координатором которого он является, глава «молодогвардейцев» прямо обвинил авторов «письма десяти» в преследовании ими политических целей. «Спор-то, безусловно, не только идеологический, но и политический… Так может быть, за этим письмом стоит не только антиправославие, но и Большая Политика? Ведь перед Большими Выборами все средства хороши», — пишет Демидов.
«Российская газета», «Комсомольская правда» и информационное агентство «Интерфакс» постарались выступить в роли «третейских судей», призвав стороны сесть за стол переговоров. В газетах были опубликованы материалы дискуссий с участием приверженцев обеих точек зрения, а в «Интерфаксе» прошла совместная пресс-конференция с участием духовенства, президента Российской академии образования Николая Никандрова (поддержавшего ОПК) и академика–«подписанта» Андрея Воробьева.
В ходе дискуссии академик Воробьев призвал прекратить как можно скорее подобные споры, ибо, по его мнению, их результатом может стать лишь дестабилизация общества, в то время как представители духовенства отметили их важность и свою готовность к открытому диалогу.