Показано, современные исследования в области космологии, квантовой космологии, квантовой гравитации и в некоторых других областях физики фактически вышли за рамки традиционной научной методологии, основанной на принципе наблюдаемости, и принципе воспроизводимости эксперимента, и принципе фальсифицируемости Поппера. Делается попытка установить новые методологические рамки, адекватные современному уровню исследований. С использованием материалов недавней статьи Ли Смолина [Smolin, 2009] обосновывается точка зрения, согласно которой следование традиционной методологии в упомянутых выше областях, хотя и логически допустимо, но непродуктивно. Выбор методологической базы исследований, в конце концов, является вопросом соглашения. Рассматривается метафизическая природа выбора научной методологии.