По состоянию на 1 ноября 2008 г. в учреждениях УИС содержалось 891,7 тыс. человек, в том числе в 758 исправительных колониях – 737,9 тыс., 222 следственных изоляторах, 7 тюрьмах и 164 помещениях, функционирующих в режиме следственных изоляторов – 145,0 тыс. человек, в 62 воспитательных колониях для несовершеннолетних – 8,8 тыс. человек. В учреждениях содержится 68,2 тыс. осужденных женщин, при женских колониях имеется 12 домов ребенка, в которых проживает 784 ребенка.

Медицинское обслуживание осужденных и подследственных обеспечивают 131 больница различного профиля, а также медицинские части или здравпункты в каждом учреждении, 59 лечебных исправительных учреждений для больных туберкулезом, 9 лечебных исправительных учреждений для больных наркоманией.

В состав УИС входят также 2441 уголовно-исполнительная инспекция, в которых состоят на учете 570,2 тыс. человек, осужденных к наказаниям, не связанным с лишением свободы. Производственный потенциал УИС составляют 262 федеральных государственных унитарных предприятия, 495 центров трудовой адаптации осужденных, 35 лечебно-, 32 учебно-производственных мастерских.

При исправительных и воспитательных колониях функционирует 309 вечерних общеобразовательных школ и 482 учебно-консультационных пункта, 334 профессионально-технических училищ, действуют 464 храма, 722 молитвенные комнаты.

Штатная численность персонала УИС составляет 327,9 тыс. человек, в том числе аттестованных сотрудников – 264,8 тыс. человек.

Медицинское обслуживание личного состава осуществляют 47 учреждений здравоохранения, в том числе 25 центров медицинской и социальной реабилитации, 13 больниц, 6 военно-врачебных комиссий и 3 санатория.

В составе УИС действуют 8 высших учебных заведений (с 7 филиалами), в том числе Академия права и управления Минюста России, 74 учебных центра, институт повышения квалификации, научно-исследовательский институт уголовно-исполнительной системы, научно-исследовательский институт информационных и производственных технологий с филиалами в городах Иваново, Владимир, Челябинск, 2 кадетские школы-интерната: «Московский кадетский корпус юстиции» и «Симбирский кадетский корпус юстиции». Имеется Объединенная редакция, издающая журналы «Преступление и наказание» и «Ведомости УИС», газету «Казенный дом».