Рудольф Отто родился 25 сентября 1879 г. в местечке Пайне недалеко от Г анновера, в семье фабриканта Вильгельма Отто, в которой было 13 детей и он был двенадцатым. Получив начальное образование в гимназии в Хильдесхайме, он затем изучал теологию в университетах Эрлангена и Гёттингена. С 1898 г. Отто был приват-доцентом в Гёттингене, читая курсы по теологии, истории религий и истории философии, с 1906 г. — экстраординарным профессором систематической теологии в Гёттингене, с 1910 г. — почетным доктором в Гиссене, с 1915 г. — профессором теологии в университете Бреслау, а с 1917 г. — профессором систематической теологии в Марбургском университете, где он был ректором в 1926-27 г. В 1929 г. он заканчивает свою преподавательскую деятельность, но продолжает писать книги. Помимо академической деятельности Отто, будучи протестантским пастором, принимает активное участие в жизни внутрицерковной, а также общественной: так, с 1913 по 1918 г. он был членом Прусского ландтага, в котором защищал либеральные и прогрессистские взгляды; участвовал он и в христианском экуменическом движении. В 1930-е годы к попыткам нацистов поставить христианскую церковь себе на службу Отто отнесся отрицательно. Умер Рудольф Отто, заболев после несчастного случая, от воспаления легких 6 марта 1937 г.