Статья посвящена начальному периоду истории армянского протестантизма в Российской империи. Охарактеризованы основные принципы российской конфессиональной политики в отношении армянской диаспоры — поддержка Армянской Апостольской церкви и противодействие католической и протестантской пропаганде среди армян. Выявлены истоки армянского протестантского движения — деятельность американских миссионеров в Османской империи и Базельского миссионерского общества в российском Закавказье. Показана история образования протестантской общины в г. Шемахе Бакинской губернии и обстоятельства ее легализации в качестве прихода Евангелическо-Лютеранской церкви. Рассмотрены вопросы о мотивах обращения части шемахинских армян в протестантизм и о возможных связях протестантов Шемахи с зарубежными религиозными организациями. Проанализированы соображения и подходы, которыми руководствовались чиновники МВД и Кавказского наместничества при урегулировании конфликта между армянами-протестантами и духовными властями Армянской Апостольской церкви. Автор приходит к выводу, что религиозный кризис в Шемахе был разрешен властями на основании принципов имперского бюрократического конфессионализма и ограниченной веротерпимости, существовавшей в России до 1905 г.